زمانی گینه بیسائو به عنوان پادشاهی گابو بخشی از امپراتوری مالی بود. بخش‌هایی از این پادشاهی تا زمان استعمار پرتغالی‌ها در قرن ۱۸ باقی مانده بود. پرتغالی‌ها در قرن ۱۷ آغاز به تجارت برده در این کشور کردند. باوجود این که این کشور از نخستین مستعمرات پرتغال بود، بخش‌های داخلی آن تا قرن ۱۹ مورد اکتشاف قرار نگرفت. این کشور که یکی از مستعمرات پرتغال بود و گینه پرتغال نام داشت، پس از استقلال در ۲۴ سپتامبر ۱۹۷۳ نام پایتخت خود، بیسائو را به نام رسمی خود اضافه کرد تا از اشتباه گرفته شدن با جمهوری گینه جلوگیری کند.